เพื่อให้เข้าใจถึงโรคภูมิต้านตนเอง คุณต้องเข้าใจว่าระบบภูมิคุ้มกันทำงานอย่างไร ในกรณีปกติ เซลล์เม็ดเลือดขาว (ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกัน) จะปกป้องร่างกายจากสารอันตรายที่เรียกว่าแอนติเจน (เช่น ไวรัส แบคทีเรีย เซลล์มะเร็ง เป็นต้น) ระบบภูมิคุ้มกันจะปล่อยแอนติบอดีเพื่อทำลายแอนติเจนเมื่อพวกมันบุกรุก ร่างกาย.

ในบุคคลที่เป็นโรคภูมิต้านตนเอง ระบบภูมิคุ้มกันมีปัญหาในการแยกแยะระหว่างแอนติเจนและเนื้อเยื่อของร่างกายที่แข็งแรง ส่งผลให้เกิดปฏิกิริยารุนแรงซึ่งทำลายเนื้อเยื่อของร่างกายที่แข็งแรง/ปกติ ระบบภูมิคุ้มกันมักจะมีช่วงเวลาที่ยากลำบากในการแยกแยะระหว่างแอนติเจนและเนื้อเยื่อของร่างกายที่แข็งแรง เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงที่แอนติเจนและยาบางชนิดกระตุ้นเมื่อเข้าสู่ร่างกาย นี่เป็นความจริงในบุคคลที่มียีนซึ่งทำให้พวกเขาไวต่อความผิดปกติของภูมิต้านทานผิดปกติ