Để hiểu về bệnh tự miễn, bạn cần hiểu cách thức hoạt động của hệ thống miễn dịch. Trong trường hợp bình thường, các tế bào bạch cầu (là một phần của hệ thống miễn dịch) bảo vệ cơ thể chống lại các chất có hại được gọi là kháng nguyên (tức là vi rút, vi khuẩn, tế bào ung thư, v.v.) Hệ thống miễn dịch giải phóng các kháng thể để tiêu diệt các kháng nguyên khi chúng xâm nhập thân hình.

Ở những người bị bệnh tự miễn, hệ thống miễn dịch gặp khó khăn trong việc phân biệt giữa các kháng nguyên và các mô cơ thể khỏe mạnh. Điều này dẫn đến các phản ứng dữ dội phá hủy các mô cơ thể khỏe mạnh / bình thường. Hệ thống miễn dịch thường gặp khó khăn trong việc phân biệt giữa kháng nguyên và các mô cơ thể khỏe mạnh vì những thay đổi mà kháng nguyên và một số loại thuốc kích hoạt khi chúng xâm nhập vào cơ thể. Điều này đúng ở những cá nhân có gen khiến họ dễ bị rối loạn tự miễn dịch.